これほど長引くと思ってなかったって英語でなんて言うの？

ご質問ありがとうございます。

"The pandemic of the Spanish flu ended in around three years,"＝「スペイン風邪の流行は3年ほどで終わった」

"so I did not think that this corona pandemic would last so long,"＝「なのでこのコロナの流行がこれほど長引くとは思いませんでした」

"especially in this age of advanced medicine."＝「特にこの医療が進歩した時代に。」

ご参考に。