I'm having trouble understanding why she thinks the way she does.
ーI can't understand why she thinks that way.
「彼女がなぜそう考えるのかが理解できない」
to think that way で「そのように考える」
ーI'm having trouble understanding why she thinks the way she does.
「なぜ彼女がそのように考えるのか理解しがたい」
to have trouble ...ing で「…するのに苦労する」
ご参考まで！
ご質問ありがとうございます。
この場合は、「なぜこうなのかわからない」はそのまま英語で「I'm not sure why it's like that」と言えます。
また、「その文の意味は理解できるけど、なぜそう言えるのかがわからない」という文章の英訳も知りたいなら、「I can understand the meaning of this sentence, but I'm just not sure why it's said like that.」になります。
「そういう考えになるのか」の場合、「I can understand the meaning of this sentence, but I'm just not sure why it's thought of it like that. 」になります。
ご参考になれば幸いです。
カナダ 
アメリカ合衆国 
