ご質問ありがとうございます。
「脳内」はin the mindとかintercerebralとかmentalなどに訳せます。「変換」はchangeとかconversionとかtransformationなどです。ですので、「脳内変換がバグを起こした」をA cerebral conversion has infected my mindに訳せます。
でも、説明文章によると、I've made a strange mental connectionとsome wires have crossed in my brainをお勧めしたいと思います。
ご参考になれば幸いです。