何故かグラフの一部が切れてしまっていますって英語でなんて言うの？

cut offがいいですね。missingでもOKですが、cut offかcropped offの方が自然に感じる表現です。
出力したファイルに反映されていない時の言い回しとして、
For some reason part of the graph gets cut off in the file
何故かグラフの一部が（出力したファイルで）切れてしまっています。
で表現できます。

ご参考になれば幸いです！