気持ち悪くないの？綺麗にしよ。って英語でなんて言うの？

２つとも、英語圏では「おむつを換える」というシチュエーションでかなり定番のフレーズです。シンプルな言い方なので、比較的扱いやすいと思います！

• Don't you 〜？は「〜じゃないの？」という聞き方ですね。
• tidy up、clean upは 両方共そのまま”キレイにする”という一般的な言い方です。　
• Yuckyは子供に向けた“気持ち悪い”という言い方ですね。

このまままるっと覚えて、子供のおむつを換えてやりましょう！

おっしゃられている内容は、以下のようにも表現できると思いました(^_^)
Don't you feel uncomfortable? Let's change the diaper.
「気持ち悪くないの？オムツを変えましょう」

diaper「おむつ」

以上です。
少しでも参考になれば幸いです(^_^)