I apologize for changing the schedule over and over again.
I apologize for the constant schedule changes.
ご質問ありがとうございます。
Jamnetさんの英文「I apologize for changing your schedule over and over again.」と言えますが、この言い方で自分は相手のスケジュールを管理しているようです。
もし、2人の待ち合わせは何回も変更があれば、「I apologize for changing the schedule over and over again.」の方が適切です。
Jamnetさんの英文にて「your schedule」→「the schedule」に変更しました。
また、別の言い方でが、「I apologize for the constant schedule changes.」でも言えます。これは上記の英文とほぼ一緒です。
どっちらでも自然だし、この場面で適切です。
ご参考になれば幸いです。