この場合、次のように言えるかと思います。
ーAt least you have a pretty face.
「君、少なくとも顔をかわいいよね」
at least で「少なくとも・せめて」
ーYou're pretty from the neck up.
「君、首から上はかわいいよね」
from the neck up で「首から上」
※どちらもとても失礼な言い方なので、実際の人には使わないほうが良いですよ。
ご参考まで！
普通に「きれいだね」と言いたい場合は、
You are beautiful.と言いますので、わざわざ身体の一部だけを取り上げて、
Your face is beautiful.
「きみの顔はきれいだ」
と言えば、「てことは、他はそうでもないのかな？」という含みが少し出ると思います。
もっとハッキリ強調したければ、
At least your face is beautiful.
「少なくとも君の顔はキレイだ」
のように言えば、「他はそうでない」という感じがより強調されます。
以上です。
少しでも参考になれば幸いです(*^_^*)
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