I am also happy that you spent your time picking out the present and preparing it for me, especially at such a busy time.
ご質問ありがとうございます。
"I am also happy that"=「私は~についても嬉しい」
"you spent your time picking out the present"=「プレゼントを選ぶためにあなたが時間を使って」
"and preparing it for me,"=「そして、それを私のために準備してくれたことを。」
"especially at such a busy time."=「特に忙しいときに。」
ご参考に。