Please ask A in this regard since they got the contract for the whole project.
こんにちは!
ご質問ありがとうございます。
『案件を請け負ったのはA社ですからA社でご対応下さい』をご質問にある状況で言うのであれば、例えば、
Please ask A in this regard since they got the contract for the whole project.
として、『Aがこの案件全体を請け負っていますので、この件に関してはAへお問い合わせ下さい。』と言えます。またその後に、
We have only done part of it.
として、『弊社はその一部を行っただけです。』としてもよいでしょう。
参考になれば幸いです。