ご質問ありがとうございます。
「飛行機事故で亡くなった」は英語で「died in an airplane accident」と言います。
確かに、「died from」は「died in」の使い分け少し曖昧ですが、基本的に事故に関して、「died in」の方がよく使います。
例えば、
died in a car accident
died in a house fire
died in a terrorist attack
「died from」の方が、病気などよく使います。
例えば、
died from cancer
died from diabetes
died from Covid-19
ご参考になれば幸いです。