会社全体でって英語でなんて言うの？

the entire company
会社全体
the whole companyもOKです。
「で」をつけると英語の表現はacross the entire companyになります。

例えば、
We are planning on using this system across the entire company.
このシステムは会社全体で使用する予定です。

ご参考になれば幸いです。