もし相手が "I miss you." とあなたに言ったのに、あなたは相手が本当はそう思っていないのではないかと思っているなら、次のように言うと良いでしょう。
ーI don't think you really missed me all that much.
「あなたは私に会えなくて寂しいとそんなに思っていないと思うよ」＝「本当はそんなに寂しくないでしょ」
もし相手に "I miss you." と言われたが、あなたが相手のことを miss していなかった場合は、相手のことを傷つけないように次のようにやんわり言うと良いでしょう。
ーOh, thank you! Has it been that long since we've seen each other?
「まあ、ありがとう！（会えなくて寂しく思われるほど）そんな長い間、会っていませんでしたっけ？」
ご参考まで！
カナダ 
