川で何か魚のようなものを見つけたときの表現として、「There's something in the water.」がしっくりくる言い方です。「There’s something」は「そこに何かがいる」、「in the water」は「水の中に」という意味です。
質問者の例で挙げられた「There’s something over there」や「There’s something there」も使い方としては正しいですが、具体的に「水の中にある」ことを伝えたい場合は「in the water」を使うと、より狙ったニュアンスになります。
役に立ちそうな関連単語:
in the water: 水の中に
in the river: 川の中に
beneath the surface: 表面の下に