Take off your top layers, but leave your T-shirt on.
この場合、次のように言うと良いでしょう。
ーTake off everything except your undershirt.
「下着以外全部脱いで」
ーTake off your top layers, but leave your T-shirt on.
「上に来ているものを脱いで、でもTシャツは着ていて」
逆に着用していていいものは、次のように言うと良いでしょう。
ーYou can leave your pants/socks/shoes on.
「ズボン/靴下/靴は履いていていいですよ」
ご参考まで!