It is actually possible to make a change to your reservation.
The number of courses will be prepared, however even if you decide to change the number of courses, differing from the confirmation email sent out beforehand, rest assured that it's actually possible to make a change to your reservation.
ご質問ありがとうございます。
予約に関して、「実際は変更できています」と言いたいなら、英語で「It is actually possible to make a change to your reservation.」と言えます。
また、「ちゃんと当日来る人数分のコースを用意しているので、予約前日にシステムから届く確認メールでコース数が違っても、安心してください。」という文章も英訳したいなら、「The number of courses will be prepared, however even if you decide to change the number of courses, differing from the confirmation email sent out beforehand, rest assured that it's actually possible to make a change to your reservation.」という風に言えます。
ご参考になれば幸いです。