By the time I get to Tokyo, he'll already have left.
こんにちは。
さまざまな言い方ができると思いますが、下記のような英語表現はいかがでしょうか：
He'll already have left Tokyo when I get there.
私が着く頃には、彼はもう東京を出てしまっています。
By the time I get to Tokyo, he'll already be gone.
私が東京に着く頃には、彼はもういなくなっています。
by the time ... は「〜の頃には」といった意味になります。
ぜひ参考にしてください。
By the time I get to Tokyo he'll probably already be on his way out.
ご質問ありがとうございます。
「僕が東京に着く頃には彼はもう東京を出てしまってるんだ」は英語で「By the time I get to Tokyo he'll probably already be on his way out.」と言えます。
これでタイミングが悪いで相手に会わないと伝えられます。
ご参考になれば幸いです。
アメリカ合衆国 
