to take some cream out of a tube and put it in another container
この場合、次のように言うと良いですよ。
ーI took some hand cream out of a tube and put it in another container.
「チューブに入ったハンドクリームを別の容器に入れ替えた」
to take some cream out of a tube and put it in another container のように表現できます。
もし空のシャンプーボトルにシャンプーを詰め替えるなら、次のように言えます。
ーMy shampoo bottle was almost empty, so I filled it up with a refill pack.
「シャンプーのボトルがもうちょっとでなくなるから、リフィルパックを詰め替えた」
ご参考まで!