「(Aは)Bとはこう違うので注意してね」ということを前述と比較して伝えたいです。
"A is different to B in that ~"
"A is different to B" 「AはBとは違う」
"in that ~" 「こう〜」
"different in that ~" 「〜こうと違う」
"Please note that A is different to B because ~"
"please note that ~" 「〜注意してください」
"A is different to B because ~"「AはBと違うなのでこ〜」