私たちの会社に興味を持ってくれて有難うございますって英語でなんて言うの？

この場合、次のような言い方ができますよ。

ーThank you for your interest in our company.
「弊社に興味を持っていただきありがとうございます」

展示会のブースに来てくれた方に伝えるとのことですから、次のような言い方もよいでしょう。
ーThank you for stopping by our booth.
「弊社のブースに立ち寄っていただきありがとうございます」

ご参考まで！