Do they live togetherは確かに使ってOKですね。
他の聞き方として、
Are they living together?
(A, B, Cは)一緒に住んでるの？
も使えます。
この3匹は一緒に住んでるみたいなのですが、BとCはAちゃんと一緒に住んでるの？と尋ねたいのなら、
Are B and C living with A?
という表現を使えます。
ご参考になれば幸いです！
ご質問ありがとうございます。
この場合、「AさんとBさんとCさんは一緒に[住んでる](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/61688/)の？」と聞きたいなら英語で「Is A living together with B and C?」と言えます。
また、別の言い方「Are A, B and C living together?」でも言えます。
ご参考になれば幸いです。
アメリカ合衆国 
