書類を受け取っていないと言いましたが、受け取っていましたって英語でなんて言うの？

この場合、次のような言い方ができますよ。

ーI told you I haven't received the document, but I actually did. I'm sorry.
「その書類を受け取っていないと言いましたが、受け取っていました。すみません」
to received the document「書類を受け取る」

ーI did say that I hadn't received the document yet, but I had actually received it already. So sorry about that.
「まだその書類を受け取っていないと言いましたが、もう受け取っていました。すみません」

ご参考まで！

こんにちは。
ご質問ありがとうございます。

"I told you that I had not received the documents,"＝「書類を受け取っていない、と私はあなたに言いました。」

"but it turns out that I actually did."＝「でも、実は受け取っていました。」

"My apologies for this."＝「すみません。」

ご参考になると幸いです。