『本日はご宿泊ありがとうございます』って英語でなんて言うの？

本日、はtodayで表現できます。ホテルの案内としてThank you for staying with us (ご宿泊ありがとうございます)はちょっと英語の慣用表現ですね。
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Thank you for staying with us today
本日はご宿泊ありがとうございます
と言う表現を使えます。
We hope you enjoy your stay with us.(直訳：私たちとのご宿泊が気に入っていただけたら嬉しいです。)も付けることが多いですね。

ご参考になれば幸いです！

ご質問ありがとうございます。

ホテルの無人チェックインの際の英語の案内文で「We appreciate you staying with us today.」や「Thank you for staying with us today.」どっちらでも使えます。

ご参考になれば幸いです。