この場合、次のような言い方ができますよ。
ーWhy do you think ...?
ーWhat do you think the reason is?
例：
A: Why does it rain?
「なんで雨は降るの？」
B: Why do you think it rains?
「なんでだと思う？」
ご参考まで！
子供にそういう質問聞かれたら
『なんでだと思う？』と言いたいときに
Why do you think it does? (雨がなぜ降ってくるか聞かれたら）
Why do you think it is? (例えば空はなぜ青いか聞かれたら）
などを使えます。
こういう場合に、一般的に聞いたことあるのは
Hm, I wonder why. What do you think?
うーん、なんでだろうね。なんでだと思う？（あなたはどう思う？）
という聞き方です。
ご参考になれば幸いです！
カナダ 
アメリカ合衆国 
