注文をまとめてしないで、決まったらバラバラと(パラパラと?)注文するので何度も対応してもらって店員さんに面倒をかけてしまいます
この場合、次のような言い方ができますよ。
ーSorry I had so many different orders.
「たくさんの異なる注文してすみません」=「バラバラ頼んですみません」
ーSorry you had to deal with several different orders.
「あなたはいくつもの異なる注文に対応しなくてはいけなくてすみません」=「バラバラ頼んですみません」
ご参考まで!