この場合、私なら現在完了形を使い、過去形は使いません。
ーHave you arrived at the airport yet?
「もう空港に到着しましたか？」
ーHave you checked in at your hotel?
「ホテルにチェックインしました？」
現在完了形を使って言うと、もうその動作が完了したかを聞いています。なのでもう到着するという動作が完了したかを聞いています。
過去形を使って言えなくもないですが、過去形を使って言うと、その動作（ここでは到着すること）をやったかを聞いているだけです。
ここではもう到着したか（到着するという動作を終えたか）を聞いていてるので、Have you ...? を使った方が自然です。
ご参考まで！
ご質問ありがとうございます。
・「Have you arrived yet?」
（意味)到着しましたか？
<例文>Have you arrived yet?// No, I'm still on the bus. It's gonna take me another 30 minutes to get there.
<訳>到着しましたか？//まだバスに乗ってます。あと30分かかります。
参考になれば幸いです。
カナダ 
アメリカ合衆国 
