この場合、次のような言い方ができますよ。
ーJust do what you think you should do.
「あなたがするべきだと思うことをしたらいいよ」＝「自分の思うようにやったらいいよ」
ーLet your thoughts be your guide.
「あなたの考えをあなたの道しるべとしたらいいよ」＝「自分の思うようにやったらいいよ」
ご参考まで！
・You should just do it the way you want.
「あなたがやりたいやり方でやればいいよ」
the way you want で「あなたが望むやり方」という意味になります。
・Do it however you like.
「好きなようにやってごらん」
however you like は「どのようにでも好きなように」というニュアンスです。相手に100%の裁量を渡す時に使われます。
カナダ 
アメリカ合衆国 
