My parasympathetic nervous system has been thrown off because of my poor lifestyle choices.
この場合、次のような言い方ができると思います。
ーMy parasympathetic nervous system has been thrown off because of my poor lifestyle choices.
「副交感神経系が悪い生活習慣のため乱れてる」
parasympathetic nervous system「副交感神経系」
to throw off「狂わせる・乱す」
poor lifestyle choices「悪いライフスタイルの選択」=「悪い生活習慣」
ご参考まで!