この例文の「They」は上の方と下の方の代わりに使いした。
The top and bottom aren't lining up.
強調するため、「properly」や「right」も使えます。
They aren't lining up right.
もう一つの言い方は、
The bottom isn't lining up with the top.
The top and bottom are misaligned.
です。
「To be misaligned」は「to not line up properly」と同じ意味があります。だから「misalign」は「properly」と一緒に使われません。