It's because ...は「…だからだ」というときに使います。
make senseは「筋が通っている」、be clearは「はっきりしている」なので、英訳１・２はどちらも「それはあなたが意味不明だからだ」となります。
英訳３の直訳は「あなたの不明瞭な言い方を責めろ」、つまり「原因は、あなたのわかりにくい言い方のせいだ」と言っています。
What you said didn't make any sense.
= あなたの言った事、意味が分からなかった。
what you said = あなたが言った事、あなたの発言
make sense = （意味が）通じる、（意味が）理解できる
make senseは
It makes perfect sense. = それは完璧に理にかなってるよ。
It doesn't make sense. = それ、意味が分からない。
It doesn't make any sense. = それ、全く意味が分からない。
というようによく使われる表現です。
She didn't get what you said.
= 彼女はあなたの言った事が分からなかった。
get は「得る」以外にもこのように「理解する、分かる」という意味でもよく使われます。
「～のせいだよ」というニュアンスを強めたいなら that's because ~ を使います。
That's because what you said didn't make any sense.
That's because she didn't get what you said.
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