この場合、次のような言い方が自然で良いですよ。
ーI don't think they come in size small.
「それら（パンツ）は、Sサイズで入ってこないみたい」
ーI don't think they ever carried size small.
「彼ら（店）はSサイズを置いてないみたい」
ーThey never had size small from the beginning.
「彼ら（店）は、元からSサイズを売ってない」
ご参考まで！
ご質問ありがとうございます。
・「They don't seem to offer a small (size).」
（意味) Sサイズは元からないみたい
<例文>They don't seem to offer a small (size) so I sent you the medium size.
<訳>Sサイズは元からないみたいだからMサイズ送ったよ。
参考になれば幸いです。
カナダ 
アメリカ合衆国 
