回答
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I like the caramel part.
「カラメルの部分が好き」
名詞partで「部分」を示し、theがあることで、プリンを話題にしている場面であれば、「あのカラメルのところ」と理解してもらえます。
It has a nice bitter taste.(それには、程よい苦味がある)と理由を続けるといいですね。
niceを用いることで苦味を好意的に捉えてる響きになります。
回答
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I like the caramel part of custard pudding.
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The caramel part of custard pudding is the best.
英訳2の the best は my favorite と言い換えてもOKです。
どちらにしても、「他のどこよりも、カラメルが好き!」と強調するような言い方になります。