I'll be home by 9 tomorrow, so I'll call you then.
こんにちは。
I'll be home by 9 tomorrow, so I'll call you then.
明日9時までには家に帰るから、その時に電話するね。
then の方が自然に感じますが、at that time でも意味は伝わりますので問題ないですよ。
例:
A: Can you come on Sunday?
日曜来れる?
B: I'll know for sure sometime tomorrow. I'll let you know then.
明日中には予定決まると思う。その時言うね。
ぜひ参考にしてください。