It's better to update the system for the long-term.
Changing the system will be worth it in the long-term.
Updating the system will make things easier in the future.
「修正する」はいくつかの訳がありますが、「古い制度」を修正する場合なら、update や change が使えます。
「長期的には」は for the long-term や in the long-term が一般的です。でももし、あまりにも曖昧な（いつになるかわからないような）ことならば、in the future を使うほうが自然です。
It would be best in the long run if the system were amended.
具体的にどのような状況なのか、
正確に教えていただければより良い英訳を提案できますが、
ひとまず、修正されるものはなんらかの「制度」（政治的な？）であることから、
以下などどうでしょう。
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It would be best in the long run if the system were amended.
長期的に考えると、制度を修正した方が良い。
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動詞の「amend」（「修正する」の意）は特に、
政治的な文章で使われることが多いです。
「reform」という表現もほぼ同じ印象。
マスターして、友達をびっくりさせましょう。
言いにくいと感じる方がいましたら、
「correct」、「change」などでも問題ありません。
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It would be best in the long run if the system were changed/corrected.
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アメリカ合衆国 
