Just be as you are. という表現はありのままの自分でいてください。というニュアンスになります。You don't have to change anything. Just be as you are. という風に使います。
Stay true to yourself.は自分に正直でいてください、というニュアンスです。I know you are going through a tough time, but you should stay true to yourself. という風に使うことが出来ます。
It's okay to be yourself.は自分らしくいて良いんだよ、という感じになります。It's okay to be yourself. You are not doing anything wrong. という感じで使うことができます。
他にも、「Do what you want to do.」（したいことをしなさい。）またはカジュアルな表現で「You do you.」（君は君でいいんだ。）などがありますが、ニュアンスや状況に応じて使い分けてみてください。
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You're perfect just the way you are は直訳すると「お前はそのままで完璧だ」という意味です。ちなみに、はほかに、「ちょうどいい」という意味合いもこめられています。
This place is just perfect for having a birthday party
このは誕生日パーティーをするのにはちょうどいい場所だ。
You don't have to change は「お前は変わらなくていいんだよ」という直訳になります。
ほかに、
Just stay the way you are now
そのままでいてね
というふうにも言えます。
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