There are differences according to each individual.
There are individual differences.
まず、「個人差」という日本語の単語は英語では「人による違い」と表現しています。
なので、「個人差はあります」を英語でいうときに、「人によって違いがあります」に言い換えまして、「There are differences according to each individual」と表現しましょう。
「There are individual differences」は日本語から「個人差」をそのまま訳したものなので、通じるは通じると思いますが、言ったらたぶん相手に「例えば?For example?」と聞かれると僕は思いますね。
たとえばダイエットプログラムなどでビフォー・アフターの写真を載せた広告の下に、免責文としてよく掲載されている定型文が「Results may vary」(結果が変動する/結果に差が出ることがあります=効果には個人差があります)です。「Individual」が先頭につくこともあります。ご参考にしていただければ幸いです。