次のような表現方法もあります。
まずI don't get it.は「よくわからない」でI don't understand.に近い意味です。
二つ目のI have some doubts about~は「~について疑問(疑い)がある」という意味で、納得できない場合に使うことができます。
そしてA does not sit right with me.のsit rightは「納得がいく」とか「受け入れられる」というニュアンスで、これを否定して「納得いかない」「受け入れられない」という意味を表します。
ご参考になれば幸いです。