腑に落ちないって英語でなんて言うの？

次のような表現方法もあります。

まずI don't get it.は「よくわからない」でI don't understand.に近い意味です。

二つ目のI have some doubts about～は「～について疑問（疑い）がある」という意味で、納得できない場合に使うことができます。

そしてA does not sit right with me.のsit rightは「納得がいく」とか「受け入れられる」というニュアンスで、これを否定して「納得いかない」「受け入れられない」という意味を表します。

ご参考になれば幸いです。

「（Aが）腑に落ちない」というのは「（Aを）理解できない／納得できない」というのと同義です。

Feel right
直訳「正しい感じがする」
It doesn't feel right.「それが正しい感じがしない」（腑に落ちない）

sound right.「正しいように聞こえる」

It doesn't sound right.
直訳「それが正いように聞こえない」
意味「それが正しいように思えない」（＝腑に落ちない）

ご参考までに