回答
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The item I found in the box was not the one indicated in the invoice.
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I'm afraid the item you sent to me was not the one indicated in the invoice.
1つ目の文は、日本語に忠実に訳したもので、「箱の中に見つけた商品は明細書に載っているものと違いました」です。
2つ目の文は、丁寧な言い回しに書き換えたもので、「あなたが送付された商品は明細書に載っているものと違うようです」という文です。
"I'm afraid (that) ~"は、"I think (that)~"と同様に「~のように思います、~のようです」という表現ですが、~の内容がネガティブなことの場合に使われます。
例)I'm afraid you are wearing your T-shirt inside out. :Tシャツが裏表になってるみたいですよ。(直訳:あなたはTシャツを裏表に着ているようです。)