"I first need to process a refund for your previous items, and then we can make a new transaction for all of them together."
「一度返金させていただいてから再度お会計となります」を英語で表現すると、 "I first need to process a refund for your previous items, and then we can make a new transaction for all of them together." や "I'll have to refund your previous purchase first and then reimpose a total bill." と言うことができます。
ここで "refund" は「返金する」という動詞で、「返金させていただきます」を表しています。
また、"transaction" や "impose a bill" は「お会計をする」という意味で、「再度お会計となります」を表しています。