"Do you really think the excuse of a misunderstanding will work now?"
「今更勘違いでしたなんて通用すると思ってるの?」という表現は英語で "Do you really think the excuse of a misunderstanding will work now?"と言うことができます。
この表現では "Do you really think" が「本当に~と思っているの?」、 "the excuse of a misunderstanding" が「勘違いだったという言い訳」、 "will work now" が「今更通用する」という意味になります。