この文章のcaseは「真実、実情」という意味です。
That is the case with girlsは
「それは女の子に関しては本当だ」
↓
「それは女の子にはよくあることだ」
という意味になります。
この文章の否定形の
That is not the case.
「それは本当ではない」
も会話で良く使われますので、
併せておさえておくと役に立ちます。
参考になれば幸いです。
oftenは【よく、しばしば】という意味ですので、That often happens with girls「それは女の子の間でよく起こる」といういい方もできます。
ちなみに、似たような表現で、That happens.「それはあるよね。/そういうこともあるよね。」という表現もよく会話で使いますので、併せて覚えておくといいですね^^
例:I got too drunk last night and I don't remember anything! 昨夜は飲みすぎて何も覚えてない!
Yeah, that happens. うん。そういうこともあるよね。