AとBはそんなにも違うんだねって英語でなんて言うの？

「なんです」「そんなに」と表現するのは英語で「what a ... !」をよく使います。

varyは、他動詞として使うか自動詞として使うかによってその意味が違ってきます。他動詞として使うときは、「～を変える」「～を変化させる」といった意味になりますが、自動詞として使うときに、「～異なっている」「違う」あるいは「変わる｣などのような意味になります。
A and B varyの場合は、自動詞のvaryなので、「AとBが異なっている」という意味になります。

Taste in clothes varies a lot from person to person.
服の好みは、人によって大きく異なっている。

don't theyの部分は付加疑問分といいます。付加疑問文の形はその前の文章に合わせて、日本語の「ですよね」と相手に確認したり同意を求めたりするような意味になります。
たとえば、前の文章の動詞が過去形なら、付加疑問文も過去形ですが、その動詞の反対の形が付きます。
You went to that new store yesterday, didn't you? I saw you waiting in the line.
昨日あの新しい店に行ったよね。列に並んでいるのを見たよ。

こんにちは。
さまざまな言い方ができると思いますが、下記のような英語表現はいかがでしょうか：

I didn't know A and B are so different.
AとBがそんなに違うなんて知りませんでした。

so different = とても違う

ぜひ参考にしてください。