lyingは、「嘘をつく」を意味するlieという動詞の進行の形です。
keptは、「~し続く・し続ける」「保つ」「(ある状態)にしておく」を意味するkeepという動詞の過去形です。
ここでは、keepを使わずに、I was lyingという進行形だけにしても意味はあまり変わらないのですが、keepを入れることによって「過去のある期間、動作が継続した」ということをより強調することになります。
It is hard to keep believing in God in these times.
近頃、神様を信じ続けてることが難しくなっている。