"I'm doing a great job taking care of the kids, but not so great a job taking care of myself."
"I'm doing a great job taking care of the kids, but as for myself..."
ちょっと意訳的ですけれども、この場合には"great job"という表現を使ったら完璧に通じると思います。
"great job taking care of the kids"=子供関係のことはバッチリということで、great jobの自然的な正反対の表現が"not so great job"ですね。"bad job"もOKです。そいう流れで「自分のは・・・」が"taking care of the kids"と同じように"taking care of myself"。もう一つは最後の「・・・」をそのままで"but as for myself..."にしても大丈夫ですよ。