I could understand what I didn't (understand) (before).
もし「わからなかったことが理解できた」で言いたければ、このようにいいます:
I could understand what I didn't (understand) (before).
「理解できた」はcanと一緒に過去形にcould understandとなります。
what I didn't (understand) は関係副詞のwhatと使い、「わからなかったこと」という意味です。
二重にならないように2回目のunderstandを省略しました。
また、最後にbeforeを付けると「前に」の追加のニュアンスとなります。