The vacancy rate of Kagoshima prefecture is 11%, (and) the highest in Japan.
Kagoshima tops the prefectures in Japan in vacancy rate at 11%.
「空き家率」「空室率」は vacancy rate です。
１つ目の文は、『全国１位」を最上級 highest を使い、the highest in Japan としました。
２つ目の文は、「首位である」という動詞 top を使い、
日本の都道府県の中で１位である = top the prefectures in Japan
としました。
prefecuture は一般に「県」の訳語ですが、このような場合は「都道府県」をまとめて表すので「都」とか「道」にこだわる必要はありません。
日本 
