Unfortunately, today's work has not been done how I expected.
Today's work did not go well. I'm sure I will make it up on another day.
I'm sorry, I could not complete our work perfectly today.
一つ目のアンサーはフォーマルな言い方です。
Unfortunately, today's work has not been done how I expected.
大変残念なことに、自分が期待していた物とは違う出来になってしまいました。
二つ目は比較的カジュアルです。仲の良い上司など、そんなに改めないでもいい時に使えます。
go well = うまくいく make up = 埋める(物理的ではないもの)、カバーする、仲直りする
三番目は簡単な文で言いやすい文を作りました。
I'm sorry, I could not complete our work perfectly today.
ごめんなさい、今日は完璧に仕事をこなせませんでした。