急激な気温の変化に体調を合わせるって英語でなんて言うの？

「physical condition」は合っていますが、まあ、ある人は勘違いするかもしれません。そのかわりに「health」を使うと大丈夫だと思います。

１つ目の文章は、「急激な気温の変化に慣れなければいけない」という意味です。
２つ目の文章は、「急激な気温の変化によって風邪を引かないように気をつけなければいけない」という意味です。「体調を整える」という意味で、get in shapeを使えば、physical conditionを使うよりかは、もう少し口語的で、気楽なニュアンスにはなります。
ただ、そもそも、「急激な気温の変化に体調を合わせる」の本質は何であろうか？と考えた場合、それは、「変化に慣れること」や、「変化によって風邪を引かないように気をつけること」であるという結論に至りました。そこから、上記２つの文章を生み出しました。特に２つ目を使えば、言いたいことはまず間違いなく伝わるはずです。