「なじませる」というのは、「To mix thoroughly, to mix evenly」という意味です。「手に」は、この場合では「Into hands」と表現します。
「クリームを手によくなじませてから使用する」は単純に、「To use, mix the cream thoroughly into hands」と表現します。
もちろん、「つけたクリームを肌によくなじませてください。」もほぼ同じ言葉で表現できます、「Apply the cream thoroughly into skin」。
「馴染ませる」は英語で直訳できない言葉ですが、「手に馴染ませる」と言う意味で使うなら "wait for ~ to sink into the skin" または "rub ~ into the skin" と言うといいでしょう。
例文:
"Wait for the cream to sink into the skin." 「クリームが手に馴染むようにつけます。」
"Rub the cream into the skin." 「クリームを手に馴染ませてください。」
ご参考になれば幸いです。