世の中なかなか思い通りにいかないよね。って英語でなんて言うの？

1番目は物事はいつも自分の思い通りになるとは限らないということです。
2番目は物事はいつも自分の期待通りになるとは限らないということです。
3番目はいつも欲しいものが手に入るとは限らないということです。
落ち込んでいる友達を励ます時には加えて"I am here for you."(私はあなたのためにここにいるよ)と伝えることもできます。

思い通りにいく = to go our way/to work out the way we want.
1番目は「人生で思い通りにいかないよね」です。　
〜do they? は英語の「ね？」という、相手に同感を求めるような単語です。

両方とも使いやすい表現ですので是非使ってみてください！

加筆です。

他には以下のような言い回しもあります：
It doesn't always go our way, does it?

ご参考になれば幸いです！