Which route are you taking? =どの経路で行くの？
route =経路、行き方
Where are you making a layover at? =どこで乗り換えるの？
layoverとstop overは同じ意味です。飛行機の乗り換えの場合はlayoverと言う言葉の方が使われるような気がします。
A: Which route are you taking to go to Arizona? (=アリゾナはどこ経由で行くの？)
B: I'm going via LA (=LAを通って行くよ)
viaの代わりにthroughを使っても同じ意味です。
この場合、「どこ経由で行くんですか？」という質問を英語で伝えると、「Where are you going to layover?」または「Where will you layover?」という表現になります。「Going to」と「will」の意味は「〜つもり」です。未来形です。「Layover」という言葉の意味は「乗り換え」です。他の言い方は「stop over」です。意味は同じです。
アメリカ合衆国 
